Возможные причины и происхождение синдрома Аспергера — это горячо обсуждаемая и спорная тема. Мнение большинства, на сегодня, состоит в том, что причины синдрома Аспергера — те же, что и у аутизма. Некоторые, однако, с этим не согласны, и аргументируют, что к синдрому Аспергера и аутизму приводят разные вещи. Всё это происходит на фоне продолжающихся более широких дебатов относительно того, является ли синдром Аспергера и другие состояния (такие как расстройство с дефицитом внимания и гиперактивностью — СДВГ (ADHD)) частью так называемого аутистического спектра.
Среди многих конкурирующих теорий относительно причины аутизма (и, следовательно, как многие уверены — синдрома Аспергера) — теория недосвязанности, разработанная исследователями познавания университета Carnegie Mellon и университета Питсбурга, теория предельного мужского мозга Симона Барон-Кохэна (Simon Baron-Cohen), теория пред-работающего аутизма, теория социальной конструкции и генетика.
Некоторые теоретики приводят больше аргументов в пользу синдрома Аспергера, чем аутизма. Иногда аргументируется, что некоторые конкретные теории играют более значимую роль в синдроме Аспергера, как например теория социального сооружения и генетика. Однако это — область значительных разногласий.